Pendidikan Geofisika di Universitas Indonesia telah berlangsung sejak tahun 1982 di Departemen Fisika FMIPA UI sebagai salah satu peminatan diantara 5 peminatan yang ada dibawah Program Studi S1 Fisika.
Program Studi S1 Geofisika di UI, sebagai sebuah program studi mandiri, secara resmi berdiri pada tahun 2015. Mulanya, Rektor Universitas Indonesia menerima surat dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi (Dirjen Dikti), Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan yang pada masa itu dijabat oleh Prof. Dr. Ir. Djoko Santoso, M.Sc. Surat bernomor 358/E.E2/DT/2014 tertanggal 16 April 2014 berisikan mandat kepada UI untuk membuka 2 program studi S1 yang terkait langsung dengan ilmu kebumian yaitu Program Studi S1 Geofisika dan Program Studi S1 Geologi. Mandat Dirjen Dikti tersebut disambut baik oleh Prof. Dr. Ir. Muhammad Anis, M.Met selaku pejabat Rektor UI pada masa itu dengan mengirimkan surat balasan bernomor 748/H2.R/OTL.00.00.Pembentukan/2014 tanggal 13 Mei 2014 kepada Dirjen Dikti berisi pernyataan kesediaan menerima dan melaksanakan mandat. Selang waktu 5 bulan, pemerintah mengeluarkan surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 537/E/O/2014 tanggal 17 Oktober 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program-Program Studi Program Sarjana Pada Universitas Indonesia yang didalamnya mencantumkan Program Studi S1 Geologi dan S1 Geofisika. Sejak keluarnya surat keputusan Mendikbud di atas, UI melakukan konsolidasi internal untuk menyiapkan pendirian dua prodi baru. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam mengajukan proposal usulan pendirian kedua prodi tersebut kepada pihak Rektorat UI. Setelah melewati seluruh prosedur dan tahapan pendirian prodi baru yang berlaku di UI, termasuk adanya persetujuan dari Majelis Wali Amanat (MWA) UI, maka Rektor UI mengeluarkan surat izin yaitu surat bernomor: 1194/SK/R/UI/2015 tertanggal 20 Mei 2015 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Geofisika Program Pendidikan Sarjana Reguler Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia.
Pada tanggal 12-14 November 2017 dilaksanakan asesmen lapangan terhadap Program Studi S1 Geofisika FMIPA UI oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT). Bertindak sebagai Tim Asesor BAN PT adalah almarhum Prof. Dr. Kirbani Sri Brotopuspito (Universitas Gadjah Mada) dan Prof. Dr. Ing. Mitra Djamal (Institut Teknologi Bandung). Keputusan proses akreditasi yang pertama tersebut menetapkan peringkat Program Studi S1 Geofisika FMIPA UI adalah B. Hal ini tertuang dalam Keputusan BAN PT nomor 4530/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2017 dan Sertifikat Akreditasi yang berlaku 5 tahun sejak 28 November 2017 sampai dengan 28 November 2022.